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1、单项选择题  提交序列到GenBank中，使用的程序可以是（）。

A.Entrez
B.SRS
C.Medline
D.BankIt

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

2、填空题  多序列联配的常用软件：（）

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本题答案：Clustal
本题解析：试题答案Clustal

3、名词解释  maximum parsimony method

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本题答案：最大简约法基于进化过程中所需核苷酸（或氨基酸）替代数目
本题解析：试题答案最大简约法基于进化过程中所需核苷酸（或氨基酸）替代数目最少的假说，对所有可能正确的拓扑结构进行计算并挑选出所需替代数最小的拓扑结构作为最优系统树。

4、名词解释  miRNA

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本题答案：是一类小的非编码单链RNA，由19~25个核苷酸构成，
本题解析：试题答案是一类小的非编码单链RNA，由19~25个核苷酸构成，广泛存在于动植物中，调节着基因表达。

5、问答题  简要介绍GenBank中的DNA序列格式。

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本题答案：GenBank中的DNA序列格式可以分成三个部分，第一
本题解析：试题答案GenBank中的DNA序列格式可以分成三个部分，第一部分为描述符，从第一行LOCUS行到ORIGIN行，包含了关于整个记录的信息；第二部分为特性表，从FEATURES行开始，包含了注释这一纪录的特性，是条目的核心，中间使用一批关键字；第三部分是核苷酸序列的本身。

6、名词解释  有根树

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本题答案：能够确定所有分析物种的共同祖先的进化树。
本题解析：试题答案能够确定所有分析物种的共同祖先的进化树。

7、问答题  生物信息学分析的数据对象主要有哪几种？这些数据之间存在着什么关系？

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本题答案：其研究重点主要落实在核酸和蛋白质两个方面，包括它们的序
本题解析：试题答案其研究重点主要落实在核酸和蛋白质两个方面，包括它们的序列、结构和功能。生物信息学以基因组DNA序列信息分析作为出发点，破译遗传语言，认识遗传信息的组织规律，辨别隐藏在DNA序列中的基因，掌握基因调控信息，对蛋白质空间结构进行模拟和预测，依据蛋白质结构和功能的关系进行药物分子设计。

8、多项选择题  分析EST序列时首要注意以下几点（）

A.EST序列中除了A\G\T\C外，可能出现未知碱基
B.EST只是单次测序，得出的结果没有可信度
C.EST序列中可能出现错误的插入和缺失，导致读码框移位
D.某个EST序列是数据库中另一序列的一个片段
E.某个EST序列不在基因的编码区内

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本题答案：A, C, D, E
本题解析：暂无解析

9、单项选择题  EST的含义是（）。

A.表达序列标签
B.序列标签位点
C.高通量基因组序列
D.人工合成序列

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

10、填空题  测试基因预测程序正确预测基因的能力的项目是（）（基因预测评估项目）

来源:91考试网 91ExAm.org

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本题答案：GASP
本题解析：试题答案GASP

11、单项选择题  accession number的含义是（）。

A.登录号
B.算法
C.比对
D.类推

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

12、单项选择题  alignment的含义是（）。

A.登录号
B.算法
C.比对
D.类推

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

13、问答题  引物设计的基本原则有哪些，有哪些基本参数要考虑，最常用的引物设计软件是什么？

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本题答案：引物设计的基本原则：引物与模板的序列要紧密互补；引物与
本题解析：试题答案引物设计的基本原则：引物与模板的序列要紧密互补；引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构；引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应（即错配）。有如下这些基本参数要考虑：引物长度，产物长度，序列Tm值，引物与模板形成双链的内部稳定性（用？G值反映），形成引物二聚体及发夹结构的能值，在错配位点的引发效率，引物及产物的GC含量，等等。最常用的引物设计软件是：Primer Premier.

14、名词解释  替换（substitution）

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本题答案：在指定的位置不相同的氨基酸进行连配，如果联配的残基有相
本题解析：试题答案在指定的位置不相同的氨基酸进行连配，如果联配的残基有相似的物化性质，那么替换是保守的。

15、问答题  生物信息学的发展经历了哪几个阶段

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本题答案：生物信息学的发展经历了3个阶段。
第一个阶段
本题解析：试题答案生物信息学的发展经历了3个阶段。
第一个阶段是前基因组时代。这一阶段主要是以各种算法法则的建立、生物数据库的建立以及DNA和蛋白质序列分析为主要工作；
第二阶段是基因组时代。这一阶段以各种基因组计划测序、网络数据库系统的建立和基因寻找为主要工作。
第三阶段是后基因组时代。这一阶段的主要工作是进行大规模基因组分析、蛋白质组分析以及其他各种基因组学研究。

16、问答题  试述PSI-BLAST搜索的5个步骤。

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本题答案：[1]选择待查序列（query）和蛋白质数据库；本题解析：试题答案[1]选择待查序列（query）和蛋白质数据库；
[2]PSI-BLAST构建一个多序列比对，然后创建一个序列表谱（profile）又称特定位置打分矩阵（PSSM）；
[3]PSSM被用作query搜索数据库
[4]PSI-BLAST估计统计学意义（eva lues）
[5]重复[3]和[4]，直到没有新的序列发现。

17、问答题  试述SWISS-PROT中的数据来源。

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本题答案：（1）从核酸数据库经过翻译推导而来；
（2）从蛋
本题解析：试题 答案（1）从核酸数据库经过翻译推导而来；
（2）从蛋白质数据库PIR挑选出合适的数据；
（3）从科学文献中摘录；
（4）研究人员直接提交的蛋白质序列数据。

18、名词解释  CpG island

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本题答案：是DNA上的一个区域，富含GC，两者以磷酸酯键相连，长
本题解析：试题答案是DNA上的一个区域，富含GC，两者以磷酸酯键相连，长度约几百到几千bp不等，常出现在管家基因或频繁表达的基因的启动子附近，在这些部位，CpG岛具有阻止序列甲基化的作用。

19、名词解释  PROSITE

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本题答案：是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、
本题解析：试题答案是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、可帮助识别蛋白质家族的统计特征。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；PROSITE还包括根据多序列比对而构建的序列统计特征，能更敏感地发现一个序列是否具有相应的特征。

20、填空题  聚类分析方法，分为有（）

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本题答案：监督学习方法，无监督学习方法
本题解析：试题答案监督学习方法，无监督学习方法

21、名词解释 来源:91考试 网;&n bsp;算法（algorithm）

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本题答案：在计算机程序中包含的一种固定过程。
本题解析：试题答案在计算机程序中包含的一种固定过程。

22、名词解释  一致序列

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本题答案：这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列，主要的缺
本题解析：试题答案这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列，主要的缺点是除了在特定位置最常见的残基之外，它们不能表示任何概率信息。

23、问答题  简述DNA计算机的基本原理

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本题答案：1）以编码生命信息的遗传物质—DNA序列，
本题解析：试题答案1）以编码生命信息的遗传物质—DNA序列，作为信息编码的载体，利用DNA分子的双螺旋结构和碱基互补配对的性质，将所要处理的问题映射为特定的DNA分子；
2）在生物酶的作用下，通过可控的生化反应生成问题的解空间；最后利用各种现代分子生物技术如聚合酶链反应RCR、超声波降解、亲和层析、分子纯化、电泳、磁珠分离等手段破获运算结果。
DNA计算机优点：低能耗、存储容量高、运算速度快，可真正实现并行工作。

24、问答题  下列数据库分别是什么类型的数据库？

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本题答案：序列数据库中的核酸数据库（GenBankPIRDDBJ
本题解析：试题答案序列数据库中的核酸数据库（GenBankPIRDDBJSWISS-PROTEMBL）
结构数据库（PDB）

25、名词解释  注释（annotation）

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本题答案：对数据库中原始的DNA碱基序列添加相关信息（比如编码的
本题解析：试题答案对数据库中原始的DNA碱基序列添加相关信息（比如编码的基因，氨基酸序列等）或其他的注解。

26、填空题  2-DE的基本原理是根据蛋白质（）和（）不同，进行两次电泳将之分离。第一向是（），第二向是（）。

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本题答案：等电点；分子量；等电聚焦分离；SDS-PAGE分离
本题解析：试题答案等电点；分子量；等电聚焦分离；SDS-PAGE分离

27、单项选择题  利用中国知网文献数据库（中国来源:91考试网 91Exam.org知网）查找论文题目是“黄瓜对不同温度逆境的抗性研究”作者的单位是（）。

A.天津市黄瓜研究所
B.中国农业科学院
C.中国科学院
D.中国农业大学

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

28、问答题  简述DNA计算实现方式中，表 面方式与试管方式相比具有哪些优点？

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本题答案：试管方式：就是在一个或多个试管的溶液里进行生化反应；<
本题解析：试题答案试管方式：就是在一个或多个试管的溶液里进行生化反应；
表面方式：是将对应的解空间的DNA分子固定在一块固体上，其次进行各种生化反应，或是在表面逐步形成解空间，然后根据具体问题对所有可能的解进行筛选，最后得到运算结果。
（1）操作简单，易于实现自动化操作；
（2）减少人为操作过程中造成的DNA分子的丢失及其它操作失误；
（3）减少分子在表面上的相互作用，同时增强分子间的特异性结合；
（4）信息储存密度大，据估计，10毫克DNA表面上的储存密度是传统计算姬的10的8次方倍，而在溶液中仅为10的5次方倍；
（5）结果易于纯化。

29、问答题  打分矩阵有哪些？

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本题答案：（1）核酸打分矩阵：
等价矩阵、BLAST矩
本题解析：试题答案（1）核酸打分矩阵：
等价矩阵、BLAST矩阵、转换-颠换矩阵
（2）蛋白质打分矩阵：
等价矩阵、氨基酸突变代价矩阵（遗传密码矩阵GCM）、疏水矩阵、PAM矩阵、BLOSUM矩阵。

30、问答题  什么是动态规划算法？

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本题答案：动态规划算法（Dynamic Programming
本题解析：试题答案动态规划算法（Dynamic Programming Algorithm）是一种计算方法，它的主要思路是把一个问题分成若干个小问题来解决，在序列比对尤其是双序列比对中非常重要，因为其提供了序列间最优的对位排列。在生物学中应用的两种动态规划算法：Needleman-Wunsch算法（全局比对）和Smith-Waterman算法（局部比对）。

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