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1、问答题  UPGMA构树法不精确的原因是什么？

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本题答案：由个于UPGMA假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有
本题解析：试题答案由个于UPGMA假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有相同的变异率，也就是存在着一个分子钟；这种算法当所构建的进化树的序列进化速率明显不一致时，得到的进化树相对来说不准确的。

2、填空题  质谱的两个数据库搜索工具：（）和（）

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本题答案：SEQEST；Lutkefish
本题解析：试题答案SEQEST；Lutkefish

3、单项选择题  LCR的含义是（）。

A.编码区
B.非编码区
C.低复杂度区域
D.开放阅读框

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

4、问答题  真核基因结构识别主要包含哪些内容？

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本题答案：（1）ORF识别及其可靠性验证：确定DNA序列的编码区
本题解析：试题答案（1）ORF识别及其可靠性验证：确定DNA序列的编码区
（2）启动子及转录因子结合位点分析：CAP序列、识别区、解旋区、转录起始位点
（3）重复序列分析：哺乳动物基因组中存在大量重复序列，由于重复序列的大量存在常会影响序列的正确分析，因此在对真核基因进行分析前，最好能把重复序列找出来，并从序列中屏蔽掉
（4）CpGisland：可以为基因及其启动子的预测提供重要的线索
（5）3’UTR区：真核生物的转录终止信号是在3’UTR区

5、名词解释  权重矩阵（序列轮廓）

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本题答案：它们表示完全结构域序列，多序列联配中每个位点的氨基酸都
本题解析：试题答案它们表示完全结构域序列，多序列联配中每个位点的氨基酸都有分值，并且特定位置插入或缺失的可能性均有一定的衡量方法（课件定义）。基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。

6、问答题  双序列比对方法有哪些？

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本题答案：①点阵序列比较(Dot Matrix Sequence
本题解析：试题答案①点阵序列比较(Dot Matrix Sequence Comparison)
②动态规划算法(Dynamic Programming Algorithm)
③词或K串方法(Word or K-tuple Methods)
④贝叶斯统计方法(Bayesian Statistical Methods)

7、问答题  简述在蛋白质三级结构预测中同源建模法的步骤。 www.91exAm.org

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本题答案：（1）搜索与目标蛋白序列相似的模板蛋白
（2
本题解析：试题答案（1）搜索与目标蛋白序列相似的模板蛋白
（2）目标序列与模板序列比对
（3）建立骨架（将模板结构叠加起来，找结构保守区域）
（4）构建目标蛋白质的侧链
（5）构建目标蛋白质的环区（从已知的环区构象中选出一最优的构象）
（6）优化模型（找出结构中异常的构象）

8、填空题  常用的序列搜索方法：（）和（）

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本题答案：FASTA；BLAST
本题解析：试题答案FASTA；BLAST

9、问答题  MEGA2如何将其它多序列比对格式文件转化为MEGE格式的多序列比对文件？

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本题答案：（1）选择菜单file，
（2）选择Text
本题解析：试题答案（1）选择菜单file，
（2）选择Text File Editorand Format Coverter工具，
（3）调入需要转换的序列和相应的格式，
（4）获得转换后的MEGA格式的文件并保存。

10、名词解释  motif

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本题答案：又称模体，实序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有
本题解析：试题答案又称模体，实序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。通常由2、3个二级结构单位组成，一般为α螺旋、β折叠和环。motif作为结构域中的亚单位，表现结构域的各种生物学功能。

11、问答题  如何检测DNA序列中潜在的CDS？

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本题答案：对任意一个DNA序列，可能并不知道哪一个碱基代表CDS
本题解析：试题答案对任意一个DNA序列，可能并不知道哪一个碱基代表CDS的起始。这种情况下，不妨试用六框翻译（six-frame translation）。如图4-2给定一个DNA序列，可以利用遗传密码将其翻译为蛋白质序列，这种方式称为概念性翻译（conceptual translation）。与基于生化实验的蛋白质翻译不同的是，概念性翻译仅通过理论推导或计算获得。
六框翻译通过移动阅读框起始碱基，获得6个潜在的蛋白质序列。其中，3个是正向翻译，3个是反向翻译，6种可能的蛋白质中至多只有一种是正确的。

12、问答题  为什么蛋白质空间结构预测很重要，目前有哪几条途径用于从蛋白质的氨基酸序列预测其空间三维结构？

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本题答案：蛋白质空间结构的预测很重要。研究蛋白质结构，有助于了解
本题解析：试题答案蛋白质空间结构的预测很重要 。研究蛋白质结构，有助于了解蛋白质如何行使其生物功能，认识蛋白质与蛋白质（或其它分子）之间的相互作用，通过分析蛋白质的结构，确认功能单位或者结构域，可以为遗传操作提供目标，为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据，同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子结构。
目前有三条途径用于从蛋白质一级序列预测其空间三维结构：
A、同源建模法。是蛋白质三维结构预测的主要方法。对于一个未知结构的蛋白质，首先通过序列同源分析找到一个已知结构的同源蛋白质，然后，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。前提是必须要有一个已知结构的同源蛋白质。
B、穿针引线法。需建立核心折叠数据库，在预测蛋白质空间结构时将一个待预测结构的蛋白质序列与数据库中核心折叠进行比对，找出比对结果最好的核心折叠，作为构造待预测蛋白质结构模型的根据。
C、从头开始法。在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，直接根据序列本身来预测其结构。该方法先对蛋白质及溶剂作近似处 91EXAM.org理，再建立能量函数，通过对构象空间 进行快速搜索找到与某一全局最小能量相对应的构象。

13、问答题  GEO数据库主要收集的是什么样的数据？

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本题答案：基因表达精选集（GEO）数据库存储的是一些准确的基因表
本题解析：试题答案基因表达精选集（GEO）数据库存储的是一些准确的基因表达图谱数据和大规模的分子实验数据

14、问答题  下列数据库分别是什么类型的数据库？

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本题答案：序列数据库中的核酸数据库（GenBankPIRDDBJ
本题解析：试题答案序列数据库中的核酸数据库（GenBankPIRDDBJSWISS-PROTEMBL）
结构数据库（PDB）

15、问答题  预测蛋白质三级结构的三种方法

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本题答案：1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3
本题解析：试题答案1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3D模型；
2）折叠识别法：寻找与未知蛋白最合适的模板，进行序列与结构比对，最终建立结构模型；
3）从头预测法：根据序列本身从头预测蛋白质结构。

16、名词解释  保守序列（conserved sequence）

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本题答案：指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中氨基酸片段，
本题解析：试题答案指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中氨基酸片段，它们在进化过程中基本保持不变。

17、名词解释  开放阅读框（ORF）

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本题答案：开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱
本题解析：试题答案开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列。

18、问答题  指出下列特殊标识符的格式？

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本题答案：①序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字
②Ge
本题解析：试题答案①序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字
②GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号：
1个字母+5个阿拉伯数字；1个字母+6个阿拉伯数字
③RefSeq序列接受号：带“-”
mRNA记录（NM*）；完整的基因组或染色体（NC*）
④PDB序列接受号：1个阿拉伯数字+3个字母

19、单项选择题  Bioinformatics的含义是（）。

A.生物信息学
B.基因组学
C.蛋白质组学
D.表观遗传学

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

20、名词解释  顺式调控元件

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本题答案：位于起始点上游（基因5‘端）控制转录的DN
本题解析：试题答案位于起始点上游（基因5‘端）控制转录的DNA序列，靠近它所调控的编码序列；其结构是模块化的，即DNA序列能被分成各个单元。

21、名词解释  比较基因组学

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本题答案：是在基因组图谱和测序的基础上，利用某个基因组研究获得的信息推
本题解析：试题答案是在基因组图谱和测序的基础上，利用某个基因组研究获得的信息推测其他原核生物、真核生物类群中的基因数目、位置、功能、表达机制和物种进化的学科。

22、名词解释  超家族

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本题答案：进化上相关，功能可能不同的一类蛋白质。
本题解析：试题答案进化上相关，功能可能不同的一类蛋白质。

23、问答题  如何进行BLAST结果显著性判断？

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本题答案：结果显著性判断：查看E值列表；查看比对情况。
本题解析：试题答案结果显著性判断：查看E值列表；查看比对情况。
（1.E值是不是显著；
2.两个蛋白质是不是具有近似的大小；
3.两个蛋白质是否有共同的模体或信号序列；
4.两个蛋白质是不是一个合理的多序列比对的一部分；
5.两个蛋白质是否有一个相似的生物学功能；
6.两个蛋白质是否具有相似的3维结构。
7.如果一个BLAST搜索得到一个对另一个蛋白质的边缘匹配，以这个具有较远亲缘关系的蛋白质作为查询项再进行一次新的BLAST搜索。）

24、名词解释  外类群

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本题答案：是进化树中处于一组被分析物种之外的，具有相近亲缘关系的
本题解析：试题答案是进化树中处于一组被分析物种之外的，具有相近亲缘关系的物种。

25、问答题  生物信息学主要研究内容。

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本题答案：（1）生物分子数据的收集与管理；
（2）数据库搜
本题解析：试题答案（1）生物分子数据的收集与管理；
（2）数据库搜索及序列比较；
（3）基因组序列分析；
（4）基因表达数据的分析与处理；
（5）蛋白质结构预测。

26、单项选择题  生物芯片分析中使用的聚类分析输出图形主要以下列哪种方式表现？（）

A.以彩色小方块阵列表示
B.以蜂窝形状表示
C.以黑白圆点表示
D.以彩色线条表示

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

27、名词解释  无根树

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本题答案：只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引入外群或外部
本题解析：试题答案只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引入外群或外部参考物种，可以在无根树中指派根节点。

28、名词解释  权重矩阵

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本题答案：基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。
本题解析：试题答案基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。

29、名词解释  PDB（Protein Data Bank）

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本题答案：PDB中收录了大量通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振N
本题解析：试题答案PDB中收录了大量通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构，记录有原子 坐标、配基的化学结构和晶体结构的描述等。PDB数据库的访问号由一个数字和三个字母组成（如，4HHB），同时支持关键词搜索，还可以FASTA程序进行搜索。

30、名词解释  最佳联配（optimal alignment）

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本题答案：两个序列之间有最高打分值的排列。
本题解析：试题答案两个序列之间有最高打分值的排列。

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