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1、名词解释 旁系同源（paralogous）
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本题答案：是通过类似基因复制的机制产生的同源序列。
本题解析：试题答案是通过类似基因复制的机制产生的同源序列。
2、问答题 试述PSI-BLAST搜索的5个步骤。
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本题答案：[1]选择待查序列（query）和蛋白质数据库；本题解析：试题答案[1]选择待查序列（query）和蛋白质数据库；
[2]PSI-BLAST构建一个多序列比对，然后创建一个序列表谱（profile）又称特定位置打分矩阵（PSSM）；
[3]PSSM被用作query搜索数据库
[4]PSI-BLAST估计统计学意义（eva lues）
[5]重复[3]和[4]，直到没有新的序列发现。
3、单项选择题 利用中国知网文献数据库（中国知网）查找论文题目是“日光温室光温因子对黄瓜叶绿体超微结构及其功能的影响”发表的期刊是（）。
91eXaM.org
A.园艺学报
B.应用生态学报
C.生态学报
D.遗传学报
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本题答案：B
本题解析：暂无解析
4、名词解释 structure domain
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本题答案：结构域，是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可
本题解析：试题答案结构域，是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可以明显区分但又相对独立的折叠单元，每个结构域自身形成紧实的三维结构，可以独立存在或折叠，但结构域与结构域之间关系较为松散。
5、单项选择题 限制性片段长度多态性标记是（）。
A.RFLP
B.SNP
C.SSR
D.RAPD
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
6、问答题 DNA双螺旋结构模型的意义
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本题答案：（1）为合理解释遗传物质的各种功能、解释生物的遗传和变
本题解析：试题答案（1）为合理解释遗传物质的各种功能、解释生物的遗传和变异、揭示自然界色彩纷纭的生命现象奠定了理论基础；
（2）揭示了生命世界多样性和生命本质的一致性的辨正统一；
（3）现代生命科学的里程碑。
7、名词解释 先导化合物
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本题答案：是指具有一定药理活性的、可通过结构改造来优化其药理特性而可能
本题解析：试题答案是指具有一定药理活性的、可通过结构改造来优化其药理特性而可能导致药物发现的特殊化合物。就是利用计算机在含有大量化合物三维结构的数据库中，搜索能与生物大分子靶点匹配的化合物，或者搜索能与结合药效团相符的化合物，又称原型物，简称先导物，是通过各种途径或方法得到的具有生物活性的化学结构
8、问答题 NCBI维护的核苷酸数据库由哪几部分组成的，其主要的内容是什么？
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本题答案：由三部分组成：表达序列标签序列、基因组测序序列、核心核
本题解析：试题答案由三部分组成：表达序列标签序列、基因组测序序列、核心核苷酸序列。
9、名词解释 模块替换矩阵（BLUSUM）
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本题答案：在替换矩阵中，每个位置的打分是在相关蛋白局部比对模块中
本题解析：试题答案在替换矩阵中，每个位置的打分是在相关蛋白局部比对模块中观察到的替换的频率而获得的，每个矩阵被修改成一个特殊的进化距离。
10、名词解释 序列比对（alignment）
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本题答案：将两个或多个序列排在一起，以达到最大一致性的过程（对于氨基酸
本题解析：试题答案将两个或多个序列排在一起，以达到最大一致性的过程（对于氨基酸序列是比较他们的保守性），这样评估序列间的相似性和同源性。
11、问答题 简述序列比对两种类型。
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本题答案：（1）全局序列比：在全局范围内对两条序列进行比对打分的
本题解析：试题答案（1）全局序列比：在全局范围内对两条序列进行比对打分的方法，适合于非常相似且长度近似相等的序列
（2）局部序列比对：一种寻找匹配子序列的序列比对方法，适合于一些片段相似而另一些片段相异的序列
12、问答题 GBFF格式的特性表格式包括哪三个部分？
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本题答案：特性表格式包含三个部分：
第一，特性关键词（
本题解析：试题答案特性表格式包含三个部分：
第一，特性关键词（Featurekey）；
第二，特性位置（Location）；
第三，限定词（Qualifiers）
13、名词解释 Gene Ontology 协会
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本题答案：编辑一组动态的、可控的基因产物不同方面性质的字汇的协会
本题解析：试题答案编辑一组动态的、可控的基因产物不同方面性质的字汇的协会。从3个方面描述基因产物的性质，即，分子功能，生物过程，细胞区室。
14、问答题 简述最大似然法（ML）的算法思想。
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本题答案：是一种基于离散特征的进化树算法。该法首先选择一个合适的进化模
本题解析：试题答案是一种基于离散特征的进化树算法。该法首先选择一个合适的进化模型，然后对所有可能的进化树进行评估，通过对每个进化位点的替代分配一个概率，最后找出概率最大的进化树。
15、单项选择题 蛋白质信号肽的预测工具有（）。
A.nnpredict
B.PredictProtein
C.SingalD
D.SingalP
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本题答案：D
本题解析：暂无解析
16、填空题 初级序列数据库（）；（）和（）
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本题答案：GenBank，EMBL,DDBJ
本题解析：试题答案GenBank，EMBL,DDBJ
17、问答题 TrEMBL哪两个部分？
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本题答案：（1）SP-TrEMBL（SWISS-PROTTrEM
本题解析：试题答案（1）SP-TrEMBL（SWISS-PROTTrEMBL）
包含最终将要集成到SWISS-PROT的数据，所有的SP-TrEMBL序列都已被赋予SWISS-PROT的登录号。
（2）REM-TrEMBL（REMainingTrEMBL）
包括所有不准备放入SWISS-PROT的数据，因此这部分数据都没有登录号。
18、名词解释 ncRNA
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本题答案：非编码RNA，是指没有编码蛋白质功能的所有RNA，它缺乏开放
本题解析：试题答案非编码RNA，是指没有编码蛋白质功能的所有RNA，它缺乏开放阅读框，常由编码蛋白质的基因反转录而来。
19、问答题 什么是序列比对中使用的PAM矩阵和BLOSUM矩阵，它们的作用是什么，一般BLAST选择使用的矩阵是什么
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本题答案：PAM矩阵和BLOSUM矩阵都是用于序列相似性的记分矩
本题解析：试题答案PAM矩阵和BLOSUM矩阵都是用于序列相似性的记分矩阵（scoring matrix）。记分矩阵中含有对齐时具体使用的数值。一般FASTA和BLAST都提供BLOSUM或PAM系列矩阵供选择，若要进行突变性质的进化分析时可以使用PAM，FASTA缺省推荐BLOSUM50矩阵。
PAM矩阵（Point Accepted Mutation）基于进化的点突变模型，如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变，但这并不意味100次PAM后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚至可能会变回到原来的氨基酸。
模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks Substitution Matrix)首先寻找氨基酸模式，即有意义的一段氨基酸片断（如一个结构域及其相邻的两小段氨基酸序列），分别比较相同的氨基酸模式之间氨基酸的保守性（某种氨基酸对另一种氨基酸的取代数据），然后，以所有 60％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM60；以所有80％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM80。
20、问答题 如何选择合适的评分矩阵？
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本题答案：一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM
本题解析：试题答案一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM要好
当比较距离相近的蛋白时，应选择低的PAM或高的BLOSUM矩阵；当比较距离较远的蛋白时，应选择高的PAM或低的BL OSUM矩阵
对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵
PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源，BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域
21、问答题 人类基因组计划与生物信息学有什么关系？
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本题答案：人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数
本题解析：试题答案人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数据和可利用信息急剧增加，信息的管理和分析成为基因组计划的一项重要的工作。而这些数据信息的管理、分析、解释和使用促使了生物信息学的产生和迅速发展。
22、问答题 简述人类基因组研究计划的历程。
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本题答案：通过国际合作，用15年时间（1990-2005）至少投
本题解析：试题答案通过国际合作，用15年时间（1990-2005）至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图，确定人类DNA的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其他生物进行类似研究。
1990，人类基因组计划正式启动。
1996，完成人类基因组计划的遗传作图，启动模式生物基因组计划。
1998完成人类基因组计划的物理作图，开始人类基因组的大规模测序。Celera公司加入，与公共领域竞争启动水稻基因组计划。
1999，第五届国际公共领域人类基因组测序会议，加快测序速度。
2000，Celera公司宣布完成果蝇基因组测序，国际公共领域宣布完成第一个植物基因组——拟南芥全基因组的测序工作。
2001，人类基因组“中国卷”的绘制工作宣告完成。
2003，中、美、日、德、法、英等6国科学家宣布人类基因组序列图绘制成功，人类基因组计划的.目标全部实现。
2004，人类基因组完成图公布
23、问答题 UPGMA构树法不精确的原因是什么？
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本题答案：由个于UPGMA假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有
本题解析：试题答案由个于UPGMA假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有相同的变异率，也就是存在着一个分子钟；这种算法当所构建的进化树的序列进化速率明显不一致时，得到的进化树相对来说不准确的。
24、填空题 初级序列数据库：（）
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本题答案：GenBank，EMBL和DDBJ
本题解析：试题答案GenBank，EMBL和DDBJ
25、名词解释 HGP(human genome project)
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本题答案：人类基因组计划，1990年由美国能源部（DOE）和国立
本题解析：试题答案人类基因组计划，1990年由美国能源部（DOE）和国立健康研究院（NIH）资助的一个研究计划。
目的是：
①鉴定出人类的所有基因；
②确定构成人类基因组的约30亿个碱基对的序列；
③将上述信息储存于专门的数据库中，并开发出相应的分析工具；
④研究由此而产生的伦理、法律和社会问题并提出相应对策。
26、问答题 生物信息学的目标和任务？
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本题答案：收集和管理生物分子数据；数据分析和挖掘；开发分析工具和
本题解析：试题答案收集和管理生物分子数据；数据分析和挖掘；开发分析工具和实用软件：生物分子序列比较工具、基因识别工具、生物分子结构预测工具、基因表达数据分析工具。
27、名词解释 序列模式（Motif）
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本题答案：蛋白质序列中短的保守区域，它们是结构域中保守性很高的部分。
本题解析：试题答案蛋白质序列中短的保守区域，它们是结构域中保守性很高的部分。
28、填空题 常用系统发育分析软件：（）
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本题答案：PHYLIP
本题解析：试题答案PHYLIP
29、单项选择题 motif的含义是（）。
A.基序
B.跨叠克隆群
C.碱基对
D.结构域
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本题答案：D
本题解析：暂无解析
30、单项选择题 目前应用于基因芯片表达数据统计分析的主要方法是（）。
A.卡方检验
B.相关分析
C.聚类分析
D.正态性分布检验
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本题答案：C
本题解析：暂无解析
31、单项选择题 利用PubMed文献数据查找论文“Enhancing phytoremediation through the use of transgenics and endophytes”发表的期刊是（）。
A.New Phytol
B.Gene
C.Nature
D.Plant Phsiol
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
32、单项选择题 利用PubMed文献数据查找论文“A whole-cell computational model predicts phenotype from genotype”发表在Cell期刊的（）。
A.第50卷第1期第389-391页
B.第50卷第1期第389-401页
C.第150卷第2期第389-401页
D.第125卷第2期第389-391页
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本题答案：C
本题解析：暂无解析
33、名词解释 heptad repeat
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本题答案：七肽重复区是典型的卷曲螺旋结构类型之一，由多个七肽单元
本题解析：试题答案七肽重复区是典型的卷曲螺旋结构类型之一，由多个七肽单元连接而成的重复序列。
34、单项选择题 没有直接参与完成人类基因组计划的国家是（）。
A.英国
B.中国
C.俄罗斯
D.德国
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本题答案：C
本题解析：暂无解析
35、问答题 BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么？
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本题答案：blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行
本题解析：试题答案blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较；Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较，可以寻找较远的关系；Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用；Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用；Tblastx只在特殊情况下使用，它将DNA被检索的序列和核酸序列数据库中的序列按不同的阅读框全部翻译成蛋白质序列，然后进行蛋白质序列比对。
36、名词解释 查询序列（query sequence）
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本题答案：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序
本题解析：试题答案也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。
37、问答题 简述常用的引物设计软件的名称和各自特点。
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本题答案：首先是引物分析评论功能，该功能只有少数商业版软件能够做
本题解析：试题答案首先是引物分析评论功能，该功能只有少数商业版软件能够做到，其中以“Oligo6”最优秀；其次是引物的自动搜索功能，各种软件在这方面的侧重点不同，因此自动搜索的结果也不尽相同。自动搜索功能以“PremierPrimer”为最强且方便实用，“Oligo6”其次，其他软件如“VectorNTISuit”、“Dnasis”、“Omiga”和“Dnastar”都带有引物自动搜索功能，但搜索结果不是十分理想。要想得到效果很好的引物，在自动搜索的基础上还要辅以人工分析。
38、单项选择题 在真核生物的一个基因内含子两端，即外显子/内含子拼接边界处，其符合（）规则。
A.Kozak
B.AU…AG
C.SD
D.Poly（A）n
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本题答案：B
本题解析：暂无解析
39、问答题 你认为生物信息学有什么用？对你的生活、研究有影响吗？
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本题答案：（1）主要用于：
在基因组分析方面：生物序列相似
本题解析：试题答案（1）主要用于：
在基因组分析方面：生物序列相似性比较及其数据库搜索、基因预测、基因组进化和分子进化、蛋白质结构预测等
在医药方面：新药物设计、基因芯片疾病快速诊断、流行病学研究：SARS、人类基因组计划、基因组计划：基因芯片。
（2）指导研究和实验方案，减少操作性实验的量；验证实验结果；为实验结果提供更多的支持数据等材料。
40、单项选择题 生物信息学主要是利用哪种工具实现对生命科学研究中生物信息的存储、检索和分析的？（）
A.计算机
B.iPhone
C.人造卫星
D.手机
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
41、问答题 蛋白质二级结构有哪些？
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本题答案：（1）螺旋
（2）b折叠–平行折
本题解析：试题答案（1）螺旋
（2）b折叠–平行折叠反平行折叠
（3）b转角–连接作用”U”型结构（大多Phe，Gly组成）
（4）无规卷曲-没有确定规律性的肽链构象，但仍是紧密有序的稳定结构
（5）无序结构多肽链中有60％的区段为a螺旋和b折叠
42、单项选择题 在真核生物中，一个基因cDNA的5′端起始密码子AUG的前后序列符合（）规则。
A.Kozak
B.AU…AG
C.SD
D.Poly（A）n
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
43、名词解释 邻接片段
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本题答案：一组在染色体上有重叠区域的DNA片段的克隆
本题解析：试题答案一组在染色体上有重叠区域的DNA片段的克隆
44、填空题 序列比对的基本思想，是找出（）和（）的相似性，就是通过在序列中插入（）的方法使所比较的序列长度达到一致。比对的数学模型大体分为两类，分别是（）和（）。
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本题答案：检测基因；目标序列；空位；整体比对；局部比对
本题解析：试题答案检测基因；目标序列；空位；整体比对；局部比对
45、名词解释 基因预测的从头分析
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本题答案：依据综合利用基因的特征，如剪接位点，内含子与外显子边界
本题解析：试题答案依据综合利用基因的特征，如剪接位点，内含子与外显子边界，调控区，预测基因组序列中包含的基因。
46、名词解释 SRS(sequence retrieva l system)
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本题答案：序列查询系统，是EBI提供的多数据库查询工具之一。有与Ent
本题解析：试题答案序列查询系统，是EBI提供的多数据库查询工具之一。有与Entrez类似的功能外，还提供了一系列的序列分析工具，可以直接进行在线序列分析处理。
47、问答题 如何查找由Rao Y 实验室于2005以后发表的，文章主题中与brain有关的文献，写出检索语言。
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本题答案：Brain[ti] AND RaoY[au] AND
本题解析：试题答案Brain[ti] AND RaoY[au] AND 2005:2013[dp]
48、名词解释 promoter
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本题答案：启动子，是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必需的一段DNA
本题解析：试题答案启动子，是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必需的一段DNA序列。
49、名词解释 算法（algorithm）
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本题答案：在计算机程序中包含的一种固定过程。
本题解析：试题答案在计算机程序中包含的一种固定过程。
50、问答题 生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向有哪几个方面。
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本题答案：生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向主要有：本题解析：试题答案生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向主要有：
①各种生物基因组测序及新基因的发现；
②单核苷酸多态性（SNP）分析；
③基因组非编码区信息结构与分析；
④比较基因组学和生物进化研究；
⑤蛋白质结构和功能的研究。
51、单项选择题 CDS的含义是（）。
A.编码区
B.非编码区
C.低复杂度区域
D.非调控区
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
52、填空题 高分值局部联配的BLAST参数是（）（高分值片段对），（）（期望值）
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本题答案：HSPs；E
本题解析：试题答案HSPs；E
53、问答题 为什么要构建生物分子数据库。
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本题答案：（1）生物分子数据高速增长
（2）分子生物学
本题解析：试题答案（1）生物分子数据高速增长
（2）分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据。
54、问答题 什么是序列比对？及其基本分类？
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本题答案：序列比对（Sequence Alignment）是通过
本题解析：试题答案序列比对（Sequence Alignment）是通过在序列中搜索一系列单个性状或性状模式来比较2个（双序列比对）或更多（多重序列比对）序列的方法。
序列比对的分类：
A、双序列比对：两条序列的比对。
B、多序列比对：三条或以上序列的比对
55、问答题 我国自主知识产权的主要基因组测序计划有哪些？
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本题答案：水稻（2002），家鸡（2004），家蚕（2007），
本题解析：试题答案水稻（2002），家鸡（2004），家蚕（2007），家猪（2012），大熊猫（2010）
56、单项选择题 如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（）。
A.NDB数据库
B.PDB数据库
C.GenBank数据库
D.SWISS-PROT数据库
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本题答案：D
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57、问答题 指出下列特殊标识符的格式？
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本题答案：①序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字
②Ge
本题解析：试题答案①序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字
②GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号：
1个字母+5个阿拉伯数字；1个字母+6个阿拉伯数字
③RefSeq序列接受号：带“-”
mRNA记录（NM*）；完整的基因组或染色体（NC*）
④PDB序列接受号：1个阿拉伯数字+3个字母
58、名词解释 GenPept
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本题答案：是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列。
本题解析：试题答案是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列。数据量很大，且随核酸序列数据库的更新而更新，但它们均是由核酸序列翻译得到的序列，未经试验证实，也没有详细的注释。
59、单项选择题 提交序列到GenBank中，使用的程序可以是（）。
A.Entrez
B.SRS
C.Medline
D.BankIt
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本题答案：D
本题解析：暂无解析
60、问答题 简述生物类的数据库类别分为有哪两种及其定义
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本题答案：一级数据库：数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据
本题解析：试题答案一级数据库：数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释（投稿文章首先要将核苷酸序列或蛋白质序列提交到相应的数据库中）
二级数据库：对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。
61、单项选择题 algorithm的含义是（）。
A.登录号
B.算法
C.比对
D.类推
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本题答案：B
本题解析：暂无解析
62、问答题 简述邻接法（NJ）构树的算法思想。
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本题答案：邻接法的思想不仅仅计算最小两两比对距离，还对整个树的长
本题解析：试题答案邻接法的思想不仅仅计算最小两两比对距离，还对整个树的长度进行最小化，从而对树的拓扑结构进行限制。这种算法由一棵星状树开始，所有的物种都从一个中心节点出发，然后通过计算最小分支长度的和相继寻找到近邻的两个序列，每一轮过程中考虑所有可能的序列对，把能使树的整个分支长度最小的序列对一组，从而产生新的距离矩阵，直到寻找所有的近邻序列。
63、单项选择题 DDBJ的含义是（）。
A.美国国家生物信息中心
B.欧洲分子生物学实验室
C.日本DNA数据库
D.中国基因组研究中心
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本题答案：C
本题解析：暂无解析
64、多项选择题 （）是现在国际上最主要的三大核酸序列数据库
A.EMBL
B.DDBJ
C.GenBank
D.NCBI
E.EBI
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本题答案：A, B, C
本题解析：暂无解析
65、单项选择题 NCBI中人类无冗余基因数据库是（）。
A.UniGene
B.UniPro
C.UniRef
D.URF
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
66、名词解释 聚类分析
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本题答案：就是将数据分成若干簇（cluster），簇内最大程度相
本题解析：试题答案就是将数据分成若干簇（cluster），簇内最大程度相似，簇间最大程度相异。某一状态的出现概率仅取决于其前驱的k个状态，k阶马尔可夫模型
67、名词解释 蛋白质组（proteome）
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本题答案：是指一个基因组、一种生物或一个细胞/组织的基因组所表达的全套
本题解析：试题答案是指一个基因组、一种生物或一个细胞/组织的基因组所表达的全套蛋白质。
68、名词解释 序列注释
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本题答案：是指从原始序列数据中获得有用的生物学信息。这主要是指基
本题解析：试题答案是指从原始序列数据中获得有用的生物学信息。这主要是指基因组DNA中寻找基因和其他功能元件（结构注释），并给出这些序列的功能（功能注释）。
69、名词解释 折叠子（Fold）
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本题答案：在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域，这些大
本题解析：试题答案在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域，这些大区域具有特定的空间取向。
70、多项选择题 最常用的序列相似性查询工具是（）
A.FASTA
B.BLAST
C.SWISS-PROT
D.PDB
E.PIR
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本题答案：A, B
本题解析：暂无解析
71、名词解释 序列表谱（profile）
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本题答案：是一种特殊位点或模体序列，在多序列比较的基础上，氨基酸
本题解析：试题答案是一种特殊位点或模体序列，在多序列比较的基础上，氨基酸的权值和空位罚分的表格。
72、问答题 简述KEGG的PATHWAYS数据库中包括的哪6种数据库？
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本题答案：GENES/SSDB/KOdatabases/COMP
本题解析：试题答案GENES/SSDB/KOdatabases/COMPOUND/GLYCAN/REACTION
73、单项选择题 accession number的含义是（）。
A.登录号
B.算法
C.比对
D.类推
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
74、名词解释 多序列比对
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本题答案：通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一
本题解析：试题答案通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。
75、问答题 如何用BLAST发现新基因？
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本题答案：从一个一直蛋白质序列开始，通过tBLASTn工具搜索一个DN
本题解析：试题答案从一个一直蛋白质序列开始，通过tBLASTn工具搜索一个DNA数据库，可以找到相应的匹配，如与DNA编码的已知蛋白质的匹配或者与DNA编码的相关蛋白质的匹配。然后通过BLASTx或BLASTp在蛋白质数据库中搜索DNA或蛋白质序列来“确定”一个新基因。
76、名词解释 PubMed
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本题答案：是一个免费的生物医学文摘数据库，提供部分论文的摘要及指
本题解析：试题答案是一个免费的生物医学文摘数据库，提供部分论文的摘要及指向全文的链接。作为Entrez资讯检索系统的一部分。
77、问答题 在基因组序列分析方面，科学家关注哪些信息？
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本题答案：就人类基因组而言，编码区域在人类基因组所占的比例不超过
本题解析：试题答案就人类基因组而言，编码区域在人类基因组所占的比例不超过3%。其余97%是非编码序列。对于非编码序列，人们了解得比较少，尚不清楚其含义或功能。然而，非编码区域对于生命活动具有重要的意义。这部分序列主要包括内含子、简单重复序列、移动元件（mobileelement）及其遗留物、伪基因（pseudogene）等。
78、单项选择题 利用PubMed文献数据查找发表在“Nature，2012，487（7405）：43-45”上的论文题目是（）。
A.A map of the cis-regulatory sequences in the mouse genome
B.The human CST complex is a terminator of telomerase activity
C.Tumours: Less lactation may explain cancer rise
D.Stem cells: a sporadic super state
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本题答案：D
本题解析：暂无解析
79、问答题 预测蛋白质三级结构的三种方法
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本题答案：1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3
本题解析：试题答案1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3D模型；
2）折叠识别法：寻找与未知蛋白最合适的模板，进行序列与结构比对，最终建立结构模型；
3）从头预测法：根据序列本身从头预测蛋白质结构。
80、问答题 UniGene数据库主要收集什么样的数据？
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本题答案：UniGene数据库称得上是一个实验性质的系统，它通过
本题解析：试题答案UniGene数据库称得上是一个实验性质的系统，它通过程序自动将GenBank中的基因序列划分到某个非冗余的基于基因的集合中。这样，每个UniGene集合就代表了一个独特的基因，并包含了与这个基因相关的信息。
81、名词解释 分子进化树（molecular evolutionary tree）
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本题答案：在研究生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的图形
本题解析：试题答案在研究生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图形成为系统发育树（phylogenetictree）。
82、名词解释 PAM矩阵
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本题答案：PAM指可接受突变百分率。一个氨基酸在进化中变成另一种
本题解析：试题答案PAM指可接受突变百分率。一个氨基酸在进化中变成另一种氨基酸的可能性，通过这种可能性可以鉴定蛋白质之间的相似性，并产生蛋白质之间的比对。一个PAM单位是蛋白质序列平均发生1%的替代量需要的进化时间。
83、名词解释 比较基因组学
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本题答案：是在基因组图谱和测序的基础上，利用某个基因组研究获得的信息推
本题解析：试题答案是在基因组图谱和测序的基础上，利用某个基因组研究获得的信息推测其他原核生物、真核生物类群中的基因数目、位置、功能、表达机制和物种进化的学科。
84、单项选择题 mRNA5′端有（）结构。
A.帽子
B.尾巴
C.帽子和尾巴
D.多聚核苷酸
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
85、名词解释 旁系（并系）同源
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本题答案：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因
本题解析：试题答案指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因，这些基因在功能上可能发生了改变。（书：由于基因重复事件产生的相似序列。）
86、单项选择题 alignment的含义是（）。
A.登录号
B.算法
C.比对
D.类推
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本题答案：C
本题解析：暂无解析
87、问答题 简述PAM矩阵与BLUSUM矩阵的关系
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本题答案：（1）两者都在打分系统中使用对数比值；
（2）P
本题解析：试题答案（1）两者都在打分系统中使用对数比值；
（2）PAM矩阵是基于近相关蛋白家族数据的，并且假设高度相关蛋白的取代概率可以外推到远相关蛋白的概率。BLOSUM矩阵是基于实际观测到的远相关蛋白比对。
（3）高值BLOSUM矩阵和低值PAM矩阵最适合于研究高度保守的蛋白；低值BLOSUM矩阵和高值PAM矩阵最适合检测远相关蛋白。
（4）一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM要好。对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵。PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源，BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域。
88、单项选择题 analogy的含义是（）。
A.登录号
B.算法
C.比对
D.类推
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本题答案：D
本题解析：暂无解析
89、名词解释 表谱（PSSM）
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本题答案：指一张基于多序列比对的打分表，表示一个蛋白质家族，可以
本题解析：试题答案指一张基于多序列比对的打分表，表示一个蛋白质家族，可以用来搜索序列数据库。
90、名词解释 邻接法（neighbor-joining method）
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本题答案：是一种不仅仅计算两两比对距离，还对整个树的长度进行最小
本题解析：试题答案是一种不仅仅计算两两比对距离，还对整个树的长度进行最小化，从而对树的拓扑结构进行限制，能够克服UPGMA算法要求进化速率保持恒定的缺陷。
91、问答题 生物信息学主要研究内容。
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本题答案：（1）生物分子数据的收集与管理；
（2）数据库搜
本题解析：试题答案（1）生物分子数据的收集与管理；
（2）数据库搜索及序列比较；
（3）基因组序列分析；
（4）基因表达数据的分析与处理；
（5）蛋白质结构预测。
92、问答题 EST能否代表一个新的基因？为什么？
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本题答案：不能，由于不是所有与数据库不匹配的EST都代表不同基因
本题解析：试题答案不能，由于不是所有与数据库不匹配的EST都代表不同基因，其中包含两种可能。一种可能：该EST是一个CDS，而数据库内尚无它的同源序列。另一种可能：该EST是一段数据库内没有收录的非编码序列。
93、名词解释 MEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis)
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本题答案：是一款免费的构树软件，它提供了序列比对、格式转换、数据
本题解析：试题答案是一款免费的构树软件，它提供了序列比对、格式转换、数据修订、距离计算、系统树重建和可信度评估等全套功能，能对DNA、mRNA氨基酸序列及遗传距离进行系统发生分析以及基因分化年代的分析。
94、问答题 BLAST中，E值和P值分别是什么，它们有什么意义？
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本题答案：BLAST中使用的统计值有概率p值和期望e值。
本题解析：试题答案BLAST中使用的统计值有概率p值和期望e值。
E期望值（E-value）这个数值表示你仅仅因为随机性造成获得这一比对结果的可能次数。这一数值越接近零，发生这一事件的可能性越小。从搜索的角度看，E值越小，比对结果越显著。默认值为10，表示比对结果中将有10个匹配序列是由随机产生，如果比对的统计显著性值（E值）小于该值（10），则该比对结果将被检出，换句话说，比较低的E值将使搜索的匹配要求更严格，结果报告中随机产生的匹配序列减少。
p值表示比对结果得到的分数值的可信度。一般说来，p值越接近于零，则比对结果的可信度越大；相反，p值越大，则比对结果来自随机匹配的可能性越大。
95、问答题 在MEGA2软件中，提供了哪些碱基替换距离模型，试列举其中3种，解释其含义。
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本题答案：碱基替换模型包括，No.ofdifferences、p
本题解析：试题答案碱基替换模型包括，No.ofdifferences、p-distance、Jukes-Cantordistance、Tajima-Neidistance、Kimur2-parameterdistance、Tamura3-parameterdistance、Tamura-Neidistance
p-distance：表示有差异的核苷酸位点在序列中所占比例，将有差异的核苷酸位点数除已经比对的总位点数就可以得到
Jukes-Cantor：模型假设ATCG的替换速率是一致的，然后给出两个序列核苷酸替换数的最大似然估计
Kimura2-parameter：模型考虑到了转换很颠换队多重击中的影响，但假设整个序列中4钟核苷酸的频率是相同哈德在不同位点上的碱基替换频率是相同的
96、问答题 试述SCOP蛋白质分类方案
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本题答案：SCOP将PDB数据库中的蛋白质按传统分类方法分成α型、β型
本题解析：试题答案SCOP将PDB数据库中的蛋白质按传统分类方法分成α型、β型、α/β型、α+β型，并将多结构域蛋白、膜蛋白和细胞表面蛋白、N蛋白单独分类，一共分成7种类型，并在此基础上，按折叠类型、超家族、家族三个层次逐级分类。对于具有不同种属来源的同源蛋白家族，SCOP数据库按照种属名称将它们分成若干子类，一直到蛋白质分子的亚基。
97、问答题 简要介绍GenBank中的DNA序列格式。
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本题答案：GenBank中的DNA序列格式可以分成三个部分，第一
本题解析：试题答案GenBank中的DNA序列格式可以分成三个部分，第一部分为描述符，从第一行LOCUS行到ORIGIN行，包含了关于整个记录的信息；第二部分为特性表，从FEATURES行开始，包含了注释这一纪录的特性，是条目的核心，中间使用一批关键字；第三部分是核苷酸序列的本身。
98、单项选择题 隐马尔科夫模型的代号是（）。
A.HMM
B.CDD
C.HTGS
D.GSS
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本题答案：A
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99、名词解释 Entrez检索系统
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本题答案：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据
本题解析：试题答案是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。
100、名词解释 进化树的二歧分叉结构
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本题答案：指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两
本题解析：试题答案指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。
101、名词解释 一致树（consensus tree）
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本题答案：在同一算法中产生多个最优树，合并这些最优树得到的树即一
本题解析：试题答案在同一算法中产生多个最优树，合并这些最优树得到的树即一致树。
102、问答题 序列的相似性与同源性有什么区别与联系？
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本题答案：相似性是指序列之间相关的一种量度，两序列的的相似性可以
本题解析：试题答案相似性是指序列之间相关的一种量度，两序列的的相似性可以基于序列的一致性的百分比；而同源性是指序列所代表的物种具有共同的祖先，强调进化上的亲缘关系。
103、问答题 简述构建进化树的步骤，每一步列举1-2种使用的软件或统计学方法。
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本题答案：（1）多序列比对：ClustalW
（2）校对比
本题解析：试题答案（1）多序列比对：ClustalW
（2）校对比对结果：BIOEDIT
（3）建树：MEGA
（4）评估系统发育信号和进化树的牢固度：自举法（Bootstrap）
104、名词解释 单基因回路
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本题答案：蛋白质与DNA启动子和增强子的相互作用。
本题解析：试题答案蛋白质与DNA启动子和增强子的相互作用。
105、填空题 常用的序列搜索方法：（）和（）
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本题答案：FASTA；BLAST
本题解析：试题答案FASTA；BLAST
106、单项选择题 根据大量EST具有相互重叠的性质，通过计算机算法获得cDNA全长序列，这种克隆基因的方法是（）。
A.重叠克隆
B.电子克隆
C.基因步移
D.基因重组
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本题答案：B
本题解析：暂无解析
107、单项选择题 PDB是蛋白质的（）。
A.分类数据库
B.结构数据库
C.模体数据库
D.结构域数据库
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本题答案：B
本题解析：暂无解析
108、填空题 通过比较建模预测蛋白质结构的软件有（）（SWISS—MODEL网站）
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本题答案：SWISS-PDBVIEWER
本题解析：试题答案SWISS-PDBVIEWER
109、单项选择题 GenBank中分类码PLN表示是（）。
A.哺乳类序列
B.细菌序列
C.噬菌体序列
D.植物、真菌和藻类序列
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本题答案：D
本题解析：暂无解析
110、名词解释 权重矩阵（序列轮廓）
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本题答案：它们表示完全结构域序列，多序列联配中每个位点的氨基酸都
本题解析：试题答案它们表示完全结构域序列，多序列联配中每个位点的氨基酸都有分值，并且特定位置插入或缺失的可能性均有一定的衡量方法（课件定义）。基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。
111、名词解释 PSI-BLAST
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本题答案：位点特异性迭代比对。是一种专门化的的比对，通过调节序列打分矩
本题解析：试题答案位点特异性迭代比对。是一种专门化的的比对，通过调节序列打分矩阵（scoringmatrix）探测远缘相关的蛋白。
112、名词解释 PROSITE
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本题答案：是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、
本题解析：试题答案是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、可帮助识别蛋白质家族的统计特征。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；PROSITE还包括根据多序列比对而构建的序列统计特征，能更敏感地发现一个序列是否具有相应的特征。
113、名词解释 neighbor—joining method
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本题答案：邻接法，基于最小进化原理经常被使用的一种算法，它不检验所有可
本题解析：试题答案邻接法，基于最小进化原理经常被使用的一种算法，它不检验所有可能的拓扑结构，能同时给出拓扑结构和分支长度。在重建系统发生树时，认为在进化分子上，发生趋异的次数可以不同，它是最有效的的基于距离数据重建系统树的方法之一。
114、名词解释 MMDB(Molecular Modeling Database)
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本题答案：是（NCBI）所开发的生物信息数据库集成系统Entre
本题解析：试题答案是（NCBI）所开发的生物信息数据库集成系统Entrez的一个部分，数据库的内容包括来自于实验的生物大分子结构数据。与PDB相比，对于数据库中的每一个生物大分子结构，MMDB具有许多附加的信息，如分子的生物学功能、产生功能的机制、分子的进化历史等，还提供生物大分子三维结构模型显示、结构分析和结构比较工具。
115、名词解释 分子途径
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本题答案：是指一组连续起作用以达到共同目标的蛋白质。
本题解析：试题答案是指一组连续起作用以达到共同目标的蛋白质。
116、单项选择题 多序列比对工具是（）。
A.BLAST
B.ClustalW
C.Mega
D.GCG
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本题答案：B
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117、名词解释 CpG island
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本题答案：是DNA上的一个区域，富含GC，两者以磷酸酯键相连，长
本题解析：试题答案是DNA上的一个区域，富含GC，两者以磷酸酯键相连，长度约几百到几千bp不等，常出现在管家基因或频繁表达的基因的启动子附近，在这些部位，CpG岛具有阻止序列甲基化的作用。
118、填空题 提供蛋白质功能注释信息的数据库：（）（京都基因和基因组百科全书）和（）（蛋白质信息资源）
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本题答案：KEGG；PIR
本题解析：试题答案KEGG；PIR
119、名词解释 非信息位点
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本题答案：对于最大简约法来说没有意义的点。
本题解析：试题答案对于最大简约法来说没有意义的点。
120、名词解释 标度树
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本题答案：分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。
本题解析：试题答案分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。
121、名词解释 马尔可夫链
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本题答案：具有马尔可夫特性的离散状态随机过程。
本题解析：试题答案具有马尔可夫特性的离散状态随机过程。
122、问答题 以下软件的主要用途是什么？
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本题答案：RepeatMasker, CpGPlot, Spli
本题解析：试题答案RepeatMasker, CpGPlot, Splice View, Genscan, ORF finder, neural network promoter prediction.
答：RepeatMasker：是对重复序列进行分析的软件
GpGPlot：用来查找一条DNA序列中CpG岛，使用Gardine-Garden和Frommer描述的方法
Splice View：是对一段序列进行剪接位点的分析即其中的受体和供体位点
Genscan：是一种从头分析工具
ORF finder：是用来分析序列ORF的工具
neural networkpromoter prediction：神经网络启动子预测是另外一种分析启动子的方法
123、名词解释 质谱（MS）
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本题答案：是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比（m/z）的
本题解析：试题答案是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比（m/z）的方法，从而使分子质量的准确确定成为可能。
质谱分析的两个工具
124、名词解释 替换（substitution）
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本题答案：在指定的位置不相同的氨基酸进行连配，如果联配的残基有相
本题解析：试题答案在指定的位置不相同的氨基酸进行连配，如果联配的残基有相似的物化性质，那么替换是保守的。
125、问答题 生物信息学所用的方法和技术。
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本题答案：（1）数学统计方法；
（2）动态规划方法；<
本题解析：试题答案（1）数学统计方法；
（2）动态规划方法；
（3）机器学习与模式识别技术；
（4）数据库技术及数据挖掘；
（5）人工神经网络技术；
（6）专家系统；
（7）分子模型化技术；
（8）量子力学和分子力学计算；
（9）生物分子的计算机模拟；
（10）因特网（Internet）技术。
126、名词解释 打分矩阵（scoring matrix）
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本题答案：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理
本题解析：试题答案在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。
127、填空题 常用的三种序列格式：（）
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本题答案：NBRF/PIR，FASTA和GDE
本题解析：试题答案NBRF/PIR，FASTA和GDE
128、问答题 生物信息学数据库的组成包括哪些部分？数据库有哪些类型？
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本题答案：生物信息学数据库的组成包括一级数据库和二级数据库。数据
本题解析：试题答案生物信息学数据库的组成包括一级数据库和二级数据库。数据库的类型包括核算和蛋白质一级结构序列数据库、基因组数据库、生物大分子三维空间结构数据库、以上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。
129、名词解释 genbank序列格式
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本题答案：是GenBank数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学
本题解析：试题答案是GenBank数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。
130、单项选择题 Bioinformatics的含义是（）。
A.生物信息学
B.基因组学
C.蛋白质组学
D.表观遗传学
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
131、问答题 什么是多序列全局比对的累进算法？（三个步骤）
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本题答案：第一，所有的序列之间逐一比对（双重比对）；
本题解析：试题答案第一，所有的序列之间逐一比对（双重比对）；
第二，生成一个系统树图，将序列按相似性大致分组；
第三，使用系统树图作为引导，产生出最终的多序列比对结果。
132、问答题 试述蛋白质三维结构预测的三类方法
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本题答案：（1）同源建模，对于一个未知结构的蛋白质，找到一个已知
本题解析：试题答案（1）同源建模，对于一个未知结构的蛋白质，找到一个已知结构的同源蛋白质，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型，序列相似性低于30%的蛋白质难以得到理想的结构模型；
（2）在已知结模板的序列一致率小于25%时，使用折叠识别方法进行预测；
（3）在找不到已知结构的蛋白质模板时使用从头预测的方法。
133、问答题 简述在蛋白质三级结构预测中同源建模法的步骤。
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本题答案：（1）搜索与目标蛋白序列相似的模板蛋白
（2
本题解析：试题答案（1）搜索与目标蛋白序列相似的模板蛋白
（2）目标序列与模板序列比对
（3）建立骨架（将模板结构叠加起来，找结构保守区域）
（4）构建目标蛋白质的侧链
（5）构建目标蛋白质的环区（从已知的环区构象中选出一最优的构象）
（6）优化模型（找出结构中异常的构象）
134、单项选择题 Entrez数据库中的剪贴板的容量是（）。
A.500条记录
B.1000条记录
C.5000条记录
D.10000条记录
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
135、名词解释 鸟枪法测序（shotgun method）
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本题答案：一种测序方法，包括从基因组中获得随机的、已测序的克隆片
本题解析：试题答案一种测序方法，包括从基因组中获得随机的、已测序的克隆片段，并且对初始基因的位置一无所知。
136、单项选择题 HTGS的含义是（）。
A.表达序列标签
B.序列标签位点
C.高通量基因组序列
D.人工合成序列
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本题答案：C
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137、问答题 简要介绍FASTA序列格式
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本题答案：FASTA格式，又叫Pearson格式，是最简单的，使
本题解析：试题答案FASTA格式，又叫Pearson格式，是最简单的，使用最多的格式。它的基本形式分为三个部分：
⑴第一行：大于号（﹥）表示一个新的序列文件的开始，为标记符。后面可以加上文字说明，gi号，GenBank检索号，LOCUS名称等信息。
⑵第二行：序列本身，为DNA的标准符号，通常大小写均可。
⑶结束：无特殊标志，但建议多留一个空行，以便将序列和其他内容区分开。
138、填空题 识别基因主要有两个途径即（）和（）。
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本题答案：基因组DNA外显子识别；基于EST策略的基因鉴定
本题解析：试题答案基因组DNA外显子识别；基于EST策略的基因鉴定
139、单项选择题 生物芯片分析中使用的聚类分析输出图形主要以下列哪种方式表现？（）
A.以彩色小方块阵列表示
B.以蜂窝形状表示
C.以黑白圆点表示
D.以彩色线条表示
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
140、名词解释 BLAST
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本题答案：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行
本题解析：试题答案基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。
141、问答题 HGP选择作为研究人类的四大“模式生物“有哪些？
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本题答案：酵母、线虫、果蝇、小鼠。
本题解析：试题答案 酵母、线虫、果蝇、小鼠。
142、问答题 GEO数据库主要收集的是什么样的数据？
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本题答案：基因表达精选集（GEO）数据库存储的是一些准确的基因表
本题解析：试题答案基因表达精选集（GEO）数据库存储的是一些准确的基因表达图谱数据和大规模的分子实验数据
143、名词解释 二级数据库
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本题答案：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍
本题解析：试题答案在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。
144、问答题 给定一条序列，简述使用BLAST进行序列比对分析的策略
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本题答案：1）获得查询序列，以FASTA格式黏贴到BLAST文本
本题解析：试题答案1）获得查询序列，以FASTA格式黏贴到BLAST文本框中；
2）选择一个BLAST程序（blastp，blastn，blastx，tblastx，tblastn）；
3）选择一个用于搜索的数据库；
4）为搜索和输出格式选择可选的参数；
5）Search，结果分析。
145、单项选择题 OMIM是（）。
A.在线人类孟德尔遗传数据库
B.国家核酸数据库
C.人类基因组计划
D.水稻基因组计划
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本题答案：A
本题解析：暂无解析
146、问答题 简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。
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本题答案：通过两两比对聚类的方法进行，在开始时，每个序列分为一类
本题解析：试题答案通过两两比对聚类的方法进行，在开始时，每个序列分为一类，分别作为一个树枝的生长点，然后将最近的两序列合并，从而定义出一个节点，将这个过程不断的重复，直到所有的序列都被加入，最后得到一棵进化树。
147、名词解释 空位罚分
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本题答案：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中
本题解析：试题答案空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。
148、名词解释 miRNA
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本题答案：是一类小的非编码单链RNA，由19~25个核苷酸构成，
本题解析：试题答案是一类小的非编码单链RNA，由19~25个核苷酸构成，广泛存在于动植物中，调节着基因表达。
149、问答题 掌握蛋白质结构有什么意义？为什么要进行蛋白质结构预测？
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本题答案：（1）研究蛋白质的结构意义重大，分析蛋白质结构、功能及其关系
本题解析：试题答案（1）研究蛋白质的结构意义重大，分析蛋白质结构、功能及其关系是蛋白质组计划中的一个重要组成部分。研究蛋白质结构，有助于了解蛋白质的作用，了解蛋白质如何行使其生物功能，认识蛋白质与蛋白质（或其它分子）之间的相互作用，这无论是对于生物学还是对于医学和药学，都是非常重要的。
（2）对于未知功能或者新发现的蛋白质分子，通过结构分析，可以进行功能注释，指导设计进行功能确认的生物学实验。通过分析蛋白质的结构，确认功能单位或者结构域，可以为遗传操作提供目标，为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据，同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子结构。
150、问答题 BLAST应用有哪些？
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本题答案：BLAST应用：
1.是序列分析的基础； 本题解析：试题答案BLAST应用：
1.是序列分析的基础；
2.评价实验结果；
3.为实验提供新思路，并指导进一步实验设计；
4.是寻找和鉴定新基因的重要手段；
5.是蛋白质结构预测和分子设计的基础；
6.是研究生物进化和种属分类的基本方法。
151、单项选择题 contig的含义是（）。
A.基序
B.跨叠克隆群
C.碱基对
D.结构域
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本题答案：B
本题解析：暂无解析
152、名词解释 分子钟
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本题答案：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通
本题解析：试题答案认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。
153、单项选择题 EMBL的含义是（）。
A.美国国家生物信息中心
B.欧洲分子生物学实验室
C.日本DNA数据库
D.中国国家基因组研究中心
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本题答案：B
本题解析：暂无解析
154、单项选择题 TAIR（AtDB）数据库是（）。
A.线虫基因组
B.果蝇基因组
C.拟南芥数据库
D.大肠杆菌基因组
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本题答案：C
本题解析：暂无解析
155、名词解释 Clustsl X
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本题答案：是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本，
本题解析：试题答案是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本，是用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的程序，也可以对来自不同物种的功能或结构相似的序列进行比对和聚类，通过重建系统发生树判断亲缘关系，并对序列在生物进化过程中的保守性进行估计。
156、填空题 （）和（）中的注释所涉及的问题是不同的
来源:91考试网 91eXAm.org点击查看答案
本题答案：原核生物；真核生物基因组
本题解析：试题答案原核生物；真核生物基因组
157、填空题 分子途径最广泛数据库：（）
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本题答案：KEGG
本题解析：试题答案KEGG
158、名词解释 信息位点
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本题答案：由位点产生的突变数目把其中的一课树与其他树区分开的位点
本题解析：试题答案由位点产生的突变数目把其中的一课树与其他树区分开的位点。
159、名词解释 homology modeling
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本题答案：是目前最为成功且实用的蛋白质结构预测方法，它的前提是已
本题解析：试题答案是目前最为成功且实用的蛋白质结构预测方法，它的前提是已知一个或多个同源蛋白质的结构。当两个蛋白质的序列同源性高于35%，一般情况下认为他们的三维结构基本相同。
160、填空题 目前由NCBI维护的大型文献资源是（）
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本题答案：PubMed
本题解析：试题答案PubMed
161、单项选择题 GenBank登录号为SCU49845的序列，其DNA产度是（）。
A.1028bp
B.3028bp
C.4028bp
D.5028bp
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本题答案：D
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162、名词解释 空位罚分
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本题答案：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中
本题解析：试题答案空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。
163、名词解释 最大简约法（MP）
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本题答案：在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或
本题解析：试题答案在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或氨基酸替换的进化树。
164、名词解释 简约信息位点
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本题答案：指基于DNA或蛋白质序列，利用最大简约法构建系统发育树
本题解析：试题答案指基于DNA或蛋白质序列，利用最大简约法构建系统发育树时，如果每个位点的状态至少存在两种，每种状态至少出现两次的位点。其它位点为都是非简约性信息位点。
165、名词解释 序列的比对
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本题答案：是一种关于序列相似性的定性描述：在什么区域相似，在什么
本题解析：试题答案是一种关于序列相似性的定性描述：在什么区域相似，在什么区域存在差别。最优比对：揭示两条序列的最大相似程度。（又叫序列联配，其意义在于从核酸、氨基酸的层次分析序列的相似性，推测其结构功能及进化上的联系，是基因识别、分子进化、生命起源研究的基础。
166、多项选择题 人类基因组计划要完成的几张图谱分别是（）
A.物理图谱
B.遗传图谱
C.序列图谱
D.生物图谱
E.基因图谱
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本题答案：A, B, C, E
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167、名词解释 无根树
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本题答案：只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引入外群或外部
本题解析：试题答案只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引入外群或外部参考物种，可以在无根树中指派根节点。
168、名词解释 空位（gap）
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本题答案：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点
本题解析：试题答案在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。
169、单项选择题 单核苷酸标记是（）。
A.RFLP
B.SNP
C.SSR
D.RAPD
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本题答案：A
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170、单项选择题 GenBank数据库中的登录号AAR19268是（）。
A.水稻的DNA序列
B.水稻的蛋白质序列
C.人类的DNA序列
D.人类的蛋白质序列
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本题答案：A
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171、单项选择题 ortholog的含义是（）。
A.直系同源
B.旁系同源
C.直接进化
D.间接进化
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本题答案：A
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172、名词解释 开放阅读框（ORF）
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本题答案：开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱
本题解析：试题答案开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列。
173、名词解释 FASTA序列格式
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本题答案：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨
本题解析：试题答案是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。
174、问答题 为什么蛋白质空间结构预测很重要，目前有哪几条途径用于从蛋白质的氨基酸序列预测其空间三维结构？
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本题答案：蛋白质空间结构的预测很重要。研究蛋白质结构，有助于了解
本题解析：试题答案蛋白质空间结构的预测很重要。研究蛋白质结构，有助于了解蛋白质如何行使其生物功能，认识蛋白质与蛋白质（或其它分子）之间的相互作用，通过分析蛋白质的结构，确认功能单位或者结构域，可以为遗传操作提供目标，为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据，同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子结构。
目前有三条途径用于从蛋白质一级序列预测其空间三维结构：
A、同源建模法。是蛋白质三维结构预测的主要方法。对于一个未知结构的蛋白质，首先通过序列同源分析找到一个已知结构的同源蛋白质，然后，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。前提是必须要有一个已知结构的同源蛋白质。
B、穿针引线法。需建立核心折叠数据库，在预测蛋白质空间结构时将一个待预测结构的蛋白质序列与数据库中核心折叠进行比对，找出比对结果最好的核心折叠，作为构造待预测蛋白质结构模型的根据。
C、从头开始法。在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，直接根据序列本身来预测其结构。该方法先对蛋白质及溶剂作近似处理，再建立能量函数，通过对构象空间进行快速搜索找到与某一全局最小能量相对应的构象。
175、单项选择题 DNA中Tm值与（）含量成正比。
A.G+A
B.G+C
C.T+C
D.A+T
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本题答案：B
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176、问答题 TSS，外显子和内含子的概念。
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本题答案：TSS是转录起始位点（Transcription St
本题解析：试题答案TSS是转录起始位点（Transcription Start Site）的英文缩写，是指DNA上一段与RNA聚合酶结合并起始转录的一段DNA序列。真核生物结构基因，由若干个编码区和非编码区互相间隔开但又连续镶嵌而成，去除非编码区再连接后，可翻译出由连续氨基酸组成的完整蛋白质，这些基因称为断裂基因。其中的编码区即为外显子，非编码区即为内含子。
177、名词解释 BLASTn
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本题答案：是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同
本题解析：试题答案是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
178、问答题 什么是动态规划算法？
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本题答案：动态规划算法（Dynamic Programming
本题解析：试题答案动态规划算法（Dynamic Programming Algorithm）是一种计算方法，它的主要思路是把一个问题分成若干个小问题来解决，在序列比对尤其是双序列比对中非常重要，因为其提供了序列间最优的对位排列。在生物学中应用的两种动态规划算法：Needleman-Wunsch算法（全局比对）和Smith-Waterman算法（局部比对）。
179、问答题 生物信息学在基因芯片中的应用有哪些？
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本题答案：（1）确定芯片检测目标。
（2）芯片设计。<
本题解析：试题答案（1）确定芯片检测目标。
（2）芯片设计。
（3）实验数据管理与分析。
180、名词解释 系统发育分析
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本题答案：通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可
本题解析：试题答案通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。
181、单项选择题 利用中国知网文献数据库（中国知网）查找论文题目是“黄瓜对不同温度逆境的抗性研究”作者的单位是（）。
A.天津市黄瓜研究所
B.中国农业科学院
C.中国科学院
D.中国农业大学
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本题答案：A
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182、名词解释 coiled coil
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本题答案：卷曲螺旋，是蛋白质中由2~7条α螺旋链相互
本题解析：试题答案卷曲螺旋，是蛋白质中由2~7条α螺旋链相互缠绕形成类似麻花状结构的总称。卷曲螺旋是控制蛋白质寡聚化的元件，在机体内执行着分子识别、代谢调控、细胞分化、肌肉收缩、膜通道等生物学功能。
183、名词解释 顺式调控元件
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本题答案：位于起始点上游（基因5‘端）控制转录的DN
本题解析：试题答案位于起始点上游（基因5‘端）控制转录的DNA序列，靠近它所调控的编码序列；其结构是模块化的，即DNA序列能被分成各个单元。
184、问答题 先导化合物的来源有四种来源
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本题答案：1）通过偶然性观察发现的先导化合物（这个方法最著名的例
本题解析：试题答案1）通过偶然性观察发现的先导化合物（这个方法最著名的例子就是亚历山大.弗莱明发现的青霉素，今天所用的许多抗生素皆由其发展出来）
2）也可以通过替代疗法的药物开发中发现的药物副作用来识别先导化合物（例如，镇定剂氯化物丙嫀是在试验中发现用在抗组胺剂时被发现的）
3）先导化合物也可以来自传统医药学（如奎宁化合物就来自金鸡纳的树皮）
4）先导化合物也可以来自天然的底物或是配体（比如说，肾上腺素作为舒喘宁的类似物用来治疗哮喘）
185、问答题 什么事件大大促进了生物信息学的发展？
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本题答案：20世纪90年代后
HGP促进生物信息学的迅
本题解析：试题答案20世纪90年代后
HGP促进生物信息学的迅速发展
186、名词解释 直系同源（Orthologous）
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本题答案：指不同种类的同源序列，他们是在物种的形成事件中从一个祖
本题解析：试题答案指不同种类的同源序列，他们是在物种的形成事件中从一个祖先序列独立进化而成的，可能有相似功能，也可能没有。
187、名词解释 整体联配（global alignment）
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本题答案：对两个核苷酸或蛋白质序列的全长所进行的比对。
本题解析：试 题答案对两个核苷酸或蛋白质序列的全长所进行的比对。
188、名词解释 Ab initio prediction
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本题答案：蛋白质三级结构预测方法—从头预测法，在既没有已知结构的同源蛋
本题解析：试题答案蛋白质三级结构预测方法—从头预测法，在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，只能采用从头预测方法，即（直接）仅仅根据序列本身来预测其结构。
189、名词解释 系统发育学（phylogenetic）
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本题答案：确定生物体间进化关系的科学分支。
本题解析：试题答案确定生物体间进化关系的科学分支。
190、名词解释 最大似然法（ML）
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本题答案：它对每个可能的进化位点分配一个概率，然后综合所有位点，找到概
本题解析：试题答案它对每个可能的进化位点分配一个概率，然后综合所有位点，找到概率最大的进化树。最大似然法允许采用不同的进化模型对变异进行分析评估，并在此基础上构建系统发育树。
191、填空题 检测系统发育树可靠性的技术：（）和（）
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本题答案：bootstrapping；Jack-knifing
本题解析：试题答案bootstrapping；Jack-knifing
192、名词解释 FASTA
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本题答案：是第一个被广泛使用的数据库相似性搜索算法，这个程序通过
本题解析：试题答案是第一个被广泛使用的数据库相似性搜索算法，这个程序通过扫描序列中“词”的小配对，从而寻找最优局部比对
193、名词解释 可接受点突变（PAM）
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本题答案：一个用于衡量蛋白质序列的进化突变程度的单位。
本题解析：试题答案一个用于衡量蛋白质序列的进化突变程度的单位。
194、名词解释 折叠识别法
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本题答案：寻找与已知蛋白最合适的模板，进行结构和序列比对，最终建
本题解析：试题答案寻找与已知蛋白最合适的模板，进行结构和序列比对，最终建立机构模型。
又称为线索化方法。（另一版本：先假设一个特定的蛋白构象，然后对这一构象进行评估的过程。）
195、名词解释 Entrez
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本题答案：是由NCBI主持的一个数据库检索系统，它包括核酸，蛋白
本题解析：试题答案是由NCBI主持的一个数据库检索系统，它包括核酸，蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此，可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献，而且，每个条目均有一个类邻（neighboring）信息，给出与查询条目接近的信息。
196、问答题 假设你得到一段未知基因的DNA序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设计一个分析流程来分析该未知基因的功能和家族类别（包括系统发育树构建）
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本题答案：1、得到未知基因的DNA序列，用Blast做序列比对，找出与
本题解析：试题答案1、得到未知基因的DNA序列，用Blast做序列比对，找出与其基因相似的核苷酸序列和蛋白质序列。
2、接着，用搜索出来的较相似的序列用ClustW进行多序列比对，得到该序列的保守情况和突变情况。
3、最后用距离法构建系统发育树。
197、名词解释& nbsp; BLASTp
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本题答案：是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列
本题解析：试题答案是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
198、名词解释 反式调控元件
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本题答案：远离所调控的编码序列，通常位于不同的染色体上。
本题解析：试题答案远离所调控的编码序列，通常位于不同的染色体上。
199、单项选择题 利用中国知网文献数据库（中国知网）查找论文题目是“扩张蛋白家族蛋白序列分析”发表在期刊“生物信息学”2008年第7卷第3期上（）。
A.第3-5页
B.第93-95页
C.第193-195页
D.第293-295页
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本题答案：C
本题解析：暂无解析
200、单项选择题 domain的含义是（）。
A.基序
B.跨叠克隆群
C.碱基对
D.结构域
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本题答案：D
本题解析：暂无解析
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